Aproximadamente a la mitad de su recorrido (estación de aforo de Islallana), el caudal medio anual del Iregua es de 6,35 m3/s, pero este desciende considerablemente hasta su desembocadura en el término municipal de Logroño. Es por esta razón por lo que el Iregua evacua al Ebro lo que corresponde a caudales excedentarios de primavera, en el momento de "aguas altas". El Iregua presenta un marcado carácter pluvio-nival en su cabecera. Aguas abajo, este carácter se va diluyendo, aunque mantiene sus rasgos fundamentales. En todo caso, se observa en este río un cierto carácter continentalizado, pues en diciembre, enero y febrero, los caudales no son muy elevados.

Al igual que el resto de ríos riojanos, el Iregua no es propenso a la generación de grandes crecidas. Sólo excepcionalmente puede hablarse de situaciones extremas, pero no comparables a la violencia tradicional de, por ejemplo, los ríos del Pirineo Oriental. Puede señalarse, de forma anecdótica la crecida experimentada en 1967, en Islallana, con 354 m3/s (55 veces el caudal medio anual). Son mucho más habituales los estiajes, habiéndose registrado caudales cero durante varios años en diversos días de junio a diciembre.