Ya a comienzos del siglo XVI se tiene constancia de la existencia en Logroño del "arca de previllegios" donde se custodiaban los documentos que atañían directamente a la ciudad.

La primera ubicación certera del Archivo es la Iglesia de Santiago el Real: junto a la puerta de la Sacristía, a la derecha del altar mayor, podemos contemplar todavía la alacena protegida por su verja.

Las diversas Casas Consistoriales (El Portalón, Palacio de los Chapiteles y el actual edificio) han sido los sucesivos emplazamientos de los documentos municipales, aunque no los únicos.

En la actualidad las dependencias del archivo se encuentran en la planta sótano del Ayuntamiento.