Desamortización y transformación militar
En el contexto de las guerras de Independencia (1808-1814) y Realista (1821-1823), el convento de Valbuena fue incorporado al recinto fortificado de la ciudad y transformado provisionalmente en cuartel. Si bien es cierto que acabados estos conflictos la comunidad monástica siempre reocupó sus maltrechas instalaciones, esta reconversión interina llegó a ser definitiva una vez iniciada la Primera Guerra Carlista (1833). En esa fecha, los frailes dominicos abandonaron para siempre Valbuena, que pasó a estar considerada como dotación disponible, puesta al servicio de la jurisdicción militar.
A lo largo del siglo XIX, la infraestructura del convento de Valbuena, su huerta y sus terrenos anejos fueron sucesivamente intervenidos y reconvertidos en cuartel de Caballería, hospital militar, cárcel o polvorín. Los archivos militares conservan diversos diseños destinados a la construcción de un fortín o reducto de seguridad e, incluso, fue estudiada muy seriamente la viabilidad de la construcción de una plaza de toros. Asimilada a estas funciones, Valbuena convivió con una sucesión interminable de guerras civiles, pronunciamientos y revoluciones. El episodio más representativo de esta atribulada fase de su historia es el fusilamiento del general sublevado, y héroe liberal, Martín Zurbano en el año 1845.
Esta sucesiva metamorfosis se mantuvo hasta el año 1893. En esa fecha, fueron definitivamente demolidos el templo y las instalaciones conventuales que habían sido edificadas a comienzos del siglo XVI. En su solar fueron levantados los almacenes de la Intendencia Militar y los edificios administrativos del Ministerio de Defensa que aún constituyen la fachada urbana del antiguo solar de Valbuena.